ストームコントロールで閾値を超えた場合、ポートをシャットダウンできますか。

可能です。
ストームコントロールのストーム発生時のアクションは以下の3つがあります。
【action shutdown】
上限しきい値に指定した値に到達すると、ポートをシャットダウンします。

【action drop】※ストーム制御有効時のデフォルト設定
上限しきい値を超えたパケットを破棄します。

【action none】
ストームパケットをフィルタリングしません。

※XG/GA-AS/eGはアクションの設定が出来ません。dropのみになります。